La pollution pharmaceutique des cours d'eau africains émerge comme un facteur critique mais sous-étudié dans l'accélération de la résistance aux antimicrobiens. Une étude publiée dans Nature Water, menée par des chercheurs de l'Université de Nairobi et de l'Institut national de la santé publique du Maroc, a mesuré les concentrations d'antibiotiques dans 45 rivières et plans d'eau à travers 10 pays africains. Les résultats sont alarmants : dans les zones situées en aval des complexes industriels pharmaceutiques au Kenya, en Égypte et au Maroc, les concentrations de ciprofloxacine et d'azithromycine dépassent respectivement 100 et 50 fois les seuils de risque environnemental établis par l'Agence européenne des médicaments. Ces niveaux de contamination créent une pression de sélection intense favorisant l'émergence et la propagation de bactéries résistantes dans l'environnement. Les analyses métagénomiques des sédiments fluviaux ont révélé une diversité exceptionnelle de gènes de résistance aux antibiotiques, y compris des gènes mcr de résistance à la colistine et des gènes blaNDM de résistance aux carbapénèmes. « Ces gènes ne restent pas confinés dans l'environnement », a averti le Dr Samuel Kariuki, directeur de recherche au KEMRI. « Ils se transfèrent horizontalement aux bactéries pathogènes humaines, créant un pipeline continu de résistance. » L'étude appelle à une réglementation urgente des effluents pharmaceutiques industriels, à la mise en place de systèmes de traitement des eaux usées adaptés et à l'intégration de la surveillance environnementale de la RAM dans les plans d'action nationaux. Plusieurs pays ont déjà commencé à réviser leurs normes de rejet industriel à la lumière de ces données.